Бегемот средних широт (bgmt) wrote,
Бегемот средних широт
bgmt

Category:

о вреде образования

via ivanov_petrov , который пишет "читал и подвывал от ужаса". Подвойте и вы, кто хочет, я уже.

http://progenes.livejournal.com/123746.html
"...Перед биологом стоит задача - сравнить экспрессию генов в нескольких тканях. Для этого надо выделить РНК и каким-то из методов определить, с каких генов эта РНК считалась и в каком количестве. Методов есть несколько. От нозерна до микрочипов. Самый модный - это секвенирование 454. О нем и пойдет речь.
...Я сузила сначала задачу и из вороха файлов нашла исходник в экселе: сравнение генной экспрессии в двух (из 48ми) тканях. Теперь внимание и пристегнитесь. Результаты сравнения представлены в виде log2 значения соотношения экспрессии генов в ткани 1 vs. 2. Просто настолько, что можно понять и идиоту, верно? Значения колеблются от -15 до плюс 15 (это уже log2). Огого, сечете разницу в экспрессии? Всех генов несколько десятков тыщ.
...Ген Х. Логарифмированное значение соотношения экспрессии в тканях 1 vs. 2 равно 14,72. Сырые данные в студию. В ткани Nr.1 насчитали 0 (ноль) кусков, в ткани Nr.2 насчитали 27 кусков. Формула расчета log2(27:0). Что, съели касатики?!!! Говорите на ноль нельзя делить? Ну нельзя так нельзя (хотя в результатах стоит ноль). Я прикинула, как могли бы рассуждать те, кто уныло смотрит на ноль. Ноль надо заменить на число, отличное от нуля. Я начала тупо подставлять и проверять логарифмом, как у них 14,72 получилось. Оказалось, что 0 приравняли до 0,001. log2(27:0,001)=14,72
...Если вы еще не ржете, посчитайте, какое значение log2 будет, если в ткани Nr.1 насчитали 0 (ноль) кусков, в ткани Nr.2 насчитали 2 (два) куска. То есть вы догадываетесь, куда можно засунуть эти 300 гигов и ограничиться одной таблицей в экселе, да?
...Проблема в том, что редкий биолог интересуется сырыми данными, если сервис поставил уже готовое соотношение в красочных схемах и диаграммах. И редкий информатик интересуется особенностями того, что ему поручено посчитать. Для него это голые абстрактные числа, а для меня это штуки кусков РНК. Особенно печально, если биолог мало знает о проблемах и недостатках того метода, которым хочет что-то проверить. После таких ляпов у меня возникли подозрения к алгоритмам сбивки в контиги (которые я встречала в других случаях), к проблемам аннотации (с которой долбилась годами). Эта же проблема также касается и анализов всяких там аффиметриксов и прочих биочипов.
Subscribe

  • pas de problème

    Мы вчера с Ленкой посмотрели фильм 1975 года "Никаких проблем" (Pas de problème), который оба видели когда-то в городе Ленинграде…

  • Эко ноющего пальца

    http://busconductor.livejournal.com/422693.html

  • Эко о переводе

    Сейчас только ленивый не перепощивает рассказ Елены Костюкович, переводчицы Эко, о нём и о переводе. Но мне кажется, что читать её надо одновременно…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 15 comments

  • pas de problème

    Мы вчера с Ленкой посмотрели фильм 1975 года "Никаких проблем" (Pas de problème), который оба видели когда-то в городе Ленинграде…

  • Эко ноющего пальца

    http://busconductor.livejournal.com/422693.html

  • Эко о переводе

    Сейчас только ленивый не перепощивает рассказ Елены Костюкович, переводчицы Эко, о нём и о переводе. Но мне кажется, что читать её надо одновременно…